Công ty cổ phần Đường Nước Trong được thành lập theo quyết định số 299/QĐ-CT ngày 07 tháng 05 năm 2005 của UBND Tỉnh Tây Ninh trên cơ sở đã chuyển đổi từ bộ phận Nhà máy Đường Nước Trong thuộc Công ty mía Đường Tây Ninh. Tại Đại hội đồng cổ đông thành lập ngày 10/10/2005 Công ty cổ phần đường Nước trong  chính thức đi vào hoạt động độc lập.

    Nhà máy đường Nước Trong (công suất 500 tấn mía cây/ngày) được khởi công xây dựng vào tháng 04/1988 với thiết kế của chuyên gia ngành mía đường CUBA. Thiết bị được nhập từ các nước Tây Ban Nha, Đức, Liên Xô cũ, Trung Quốc và một số chế tạo trong nước.

    Nhà máy được xây dựng hoàn thành vào đầu tháng 04/1992 và hoạt động thử nghiệm. Đến ngày 24/12/1992 lễ khánh thành nhà máy được tổ chức và đưa vào hoạt động chính thức với tên gọi nhà máy đường NướcTrong.

    Đứng trước tiềm năng Tây Ninh là "thủ đô" của vùng nguyên liệu mía cây, là tỉnh đứng đầu trong việc cung cấp sản lượng mía cây cho các nhà đường lớn lúc bấy giờ như : nhà máy đường Bình Dương, nhà máy đường Hiệp Hoà. Để giải quyết nhu cầu cung cấp nguyên liệu tại chỗ nên tháng 05/1995 nhà máy bắt tay vào việc nâng công suất từ 500 tấn mía cây/ ngày lên 1.000 tấn mía cây/ ngày.